งานอันดับแรกของการทำไร่ยาสูบ คือ การเพาะกล้ายาสูบ ต้นยาสูบในไร่จะเจริญเติบโตดี ต้องมาจากต้นกล้าที่สมบูรณ์ แข็งแรง เมื่อนำไปปลูกแล้ว ต้นกล้าตายน้อยที่สุด หรือไม่ตายเลย ถ้าต้นกล้าตายหลังจากปลูก 7-10 วัน ควรจะมีการปลูกซ่อมกล้า และไม่ควรจะปลูกซ่อมบ่อย ๆ เพราะการซ่อมกล้าเพียงร้อยละ 10 จะทำให้คุณภาพลดลงได้ถึงร้อยละ 5 ทั้งนี้เนื่องจากการเก็บใบยาสูบไปบ่ม ผู้เก็บมักจะเก็บทุกต้นเหมือนกันหมด ทำให้มีใบยาที่ไม่สุกติดเข้าไปบ่มด้วย ทำให้คุณภาพใบยาลดลง

การที่จะผลิตต้นกล้าให้มีความสมบูรณ์ และแข็งแรง จะต้องมีการเตรียมและทำแปลงเพาะกล้าที่ดีมาก่อน นับตั้งแต่การเลือกที่ดิน ควรเป็นดินที่อุดมสมบูรณ์ มีการระบายน้ำดี ถ้าเป็นดินบุกเบิกใหม่ยิ่งดี หลังจากเตรียมดินยกเป็นแปลง (กว้าง 1 เมตร ยาว 11 เมตร) แล้วคลุมด้วยผ้าพลาสติก และรมด้วยก๊าซเมทิลโบรไมด์ นานประมาณ 24-48 ชั่วโมง เพื่อกำจัดโรคแมลง และวัชพืชในดิน เมื่อเปิดผ้าพลาสติกออกแล้ว ผึ่งดินทิ้งไว้ 12-24 ชั่วโมง ใส่ปุ๋ยรองพื้นสูตร 4-16-24 ในอัตรา 2-4 กิโลกรัมต่อแปลง และใส่ยาฟูราดาน 3 จี เพื่อป้องกันโรคใบหดในอัตรา 250-300 กรัมต่อแปลง แล้วกลับปุ๋ยและยาให้อยู่ลึกจากผิวดินประมาณ 1-2 นิ้ว เพื่อป้องกันไม่ให้เมล็ดยาสูบที่หว่าน ได้รับอันตรายจากปุ๋ยและยา

การหว่านเมล็ดเนื่องจากเป็นเมล็ดที่มีขนาดเล็กมาก (เมล็ดยาสูบ 1 กรัม มีจำนวนประมาณ 10,000-12,000 เมล็ด) จึงควรนำเมล็ดผสมขี้เถ้าในการหว่าน เพื่อให้กระจายทั่วแปลง หรือใส่เมล็ดลงในบัวรดน้ำ คนเมล็ดให้กระจายเข้ากับน้ำจนทั่ว แล้วรดให้ทั่วแปลง โดยใช้เมล็ดแปลงละ 1.0-1.5 กรัม รดน้ำให้ชุ่ม แล้วคลุมแปลงเพาะด้วยผ้าดิบ เพื่อป้องกันแสงแดดในเวลากลางวัน และลดแรงกระแทกของน้ำฝน ในฤดูฝน ถ้าเป็นฤดูแล้งอาจใช้แกลบคลุมได้

การรดน้ำ รดน้ำวันละ 4 ครั้ง จนกว่าเมล็ดจะงอก จึงค่อยๆ ลดลงเหลือวันละ 2-3 ครั้ง การพ่นยาป้องกันโรคและแมลง จะต้องทำทุกสัปดาห์ หลังจากเมล็ดงอกแล้ว โรคที่สำคัญในแปลงเพาะได้แก่ โรคโคนเน่า และโรคแอนแทรกโนส สำหรับแมลงได้แก่ หนอน และแมลงหวี่ขาว เมื่อกล้ายาสูบมีอายุ 35-45 วัน จึงถอนย้ายไปปลูกในไร่